Einleitung

Am Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin des Universitätsklinikums Dresden ist zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine Stelle als Bioinformatiker / Bioinformatikerin / Computational Biologist (m/w/d)) mit dem Schwerpunkt Analyse komplexer Omics-Datensätze und Multi-Omics-Integration und Analyse und Integration von Omics-Datensätzen in der translationalen Forschung in Voll- oder Teilzeitbeschäftung zunächst befristet für 24 Monate zu besetzen. Die Vergütung erfolgt nach den Eingruppierungsvorschriften des Tarifvertrages für den öffentlichen Dienst (TV-L) und ist bei Vorliegen der persönlichen Voraussetzungen in die Entgeltgruppe 13möglich.

Ihre Aufgaben:

• Analyse, Integration und Interpretation von hochdimensionalen Omics-Datensätzen im Kontext translationaler Forschungs- und Diagnostikprojekte
• Bioinformatische Auswertung von
• bulk RNA-Sequenzierung
• Single-Cell- und Single-Nucleus RNA-Seq
• CITE-Seq
• ATAC-Seq
• NGS-basierten Datensätzen
• Metabolomics- und Proteomics-Daten
• Entwicklung, Erweiterung und Wartung von Analysepipelines für Omics-Daten (inkl. Qualitätskontrolle, Normalisierung, Annotation und statistischer Auswertung)
• Multi-Omics-Integration (z. B. Transkriptomik–Epigenomik–Metabolomik–Proteomik) zur Ableitung biologisch und klinisch relevanter Hypothesen
• Enge Zusammenarbeit mit experimentellen Wissenschaftler:innen, Kliniker:innen und Diagnostiker:innen
• Unterstützung bei der methodischen Implementierung bioinformatischer Workflows in translationalen und ggf. kliniknahen Kontexten
• Mitwirkung bei der Erstellung wissenschaftlicher Publikationen, Drittmittelanträgen und Präsentationen

Ihr Profil:

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium mit Promotion (z. B. Bioinformatik, Computational Biology, Systembiologie, Biostatistik, Molekulare Medizin oder verwandte Fachrichtungen)
• Ausgewiesene praktische Erfahrung in der Analyse von Omics-Datensätzen, insbesondere:
• bulk und single-cell RNA-Seq
• CITE-Seq und/oder ATAC-Seq
• idealerweise Metabolomics und/oder Proteomics
• Sehr gute Programmierkenntnisse in R, Erfahrung mit relevanten Bioconductor-Frameworks (z. B. Seurat, SingleCellExperiment, edgeR, DESeq2)
• Gute bis sehr gute Kenntnisse in Python (z. B. Scanpy, Pandas, NumPy, SciPy)
• Erfahrung im Aufbau, der Anpassung und Dokumentation von reproduzierbaren Analysepipelines (z. B. mit Snakemake, Nextflow, Git)
• Verständnis für statistische Methoden, Datenintegration und Visualisierung komplexer Datensätze
• Strukturierte, eigenständige Arbeitsweise sowie ausgeprägte Team- und Kommunikationsfähigkeit
• Interesse an translationaler Forschung und der Anwendung bioinformatischer Methoden im medizinischen Kontext

Wir bieten:

am Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin

• Mitarbeit an wissenschaftlich und klinisch hochrelevanten Projekten im Bereich chronisch-inflammatorischer Erkrankungen und Krebsforschung
• Ein interdisziplinäres Umfeld mit enger Anbindung an klinische Partner
• Moderne IT- und Analyseinfrastruktur
• Möglichkeit zur wissenschaftlichen Weiterqualifikation (inkl. Habilitation)
• Attraktive Angebote zur Gesundheitsförderung (Carus Vital)
• Umfangreiche Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten über die Carus Akademie
• Betriebliche Altersvorsorge
• Nutzung des Jobtickets für den öffentlichen Nahverkehr in Dresden und Umgebung